MBR膜生物反应器由膜的使用状况不同分为内置式和外置式两种。内置式是将膜直接浸渍于生化反应池中，直接从膜元件中抽出净水，而外置式则是用泵将生物反应池的水通过膜组件进行错流过滤循环，得到洁净的透过水。
① 原水条件： 在膜生物反应器使用过程中，原水中的有机物、污染物的清除是通过微生物分解，膜组件主要起到分离生化原水和污泥的作用。在处理水质比较复杂、污染物浓度高或者活性菌难以降解的废水时需要对进水进行有效的生物降解，如水解酸化、厌氧等前处理，确保膜组件在使用过程中只起到泥水分离作用。通常事先需进行小型运转试验进行确认。
② 预处理： 预处理的目的是除去可能给膜带来损伤的大的固态物，尤其是生活排水当中包含的大量细小纤维屑，毛发等微小纤维状物质和油脂类物质，通常在供给原水处设置一开孔小于1mm以下（建议0.5mm）回转式机械格栅。MBR污水处理工程进水应设置格栅，进入膜池前应设置超细格栅，城镇污水预处理还应设沉砂池。进水中含有毛发、织物纤维较多时，应设置毛发收集器或超细格栅。进水中动植物油含量大于50mg/L，矿物油大于3mg/L时，应设置除油装置。进水的BOD5/COD小于0.3时，宜采用水解酸化等预处理措施。进水进入膜反应池之前，须去除尖锐颗粒等硬物。进水的BOD5含量大于1500mg/L时，MBR系统宜设置厌氧池或缺氧池。
