MBR膜污染一般分为三种情况：有机污染、无机污染与微生物污染。
① 有机污染 有机污染物的来源主要是微生物的代谢产物，它可以在膜表面形成凝胶层，也可在膜内微孔表面被吸附而堵塞孔道，造成膜污染。使膜通量下降，从而产水下降。
② 无机污染 此种污染主要是污水透过膜时，被截留下来的部分活性污泥和胶体物质还未来得及分散，就被过滤压差和水流冲击作用下堆积在膜表面，形成膜污染。
③ 微生物污染 此种污染主要是由于膜工作条件造成的。
MBR膜在正常运行时，膜表面和膜的微孔中会存在微生物所需的营养物质，此时微生物在适宜生存的条件中繁殖，造成膜污染。
在此讨论膜污染的情况时，我们默认膜组器是按照规范正确安装的，若安装出现问题，膜污染状况会非常严重。 一般来说，MBR膜污染一般为有机污染和微生物污染，此时我们可以通过维护性清洗，也就是在线次氯酸钠清洗恢复膜通量。关于次氯酸钠的加药量在此不再赘述。
若在线清洗无效果，我们需要考虑离线清洗膜组器。需要离线清洗的膜组器一般由于污泥紧密附着在膜丝上，使膜的通透性大大降低，若不清理附着的污泥及其他胶着物，则无法有效改善膜通量。
