① 膜污染：在采用膜技术的中水回用工程中，膜片是技术含量最高、价值最大的部分，膜片使用的时间越长越好。从膜组件投入开始，膜污染就已经存在了，如何在后期使用中减少对膜污染是很难却很重要的环节。
② 膜结垢与断丝：如何降低金属离子沉积、膜的化学改性变脆也是急需解决的难题。有些微量积累目前还不能说清机理，针对目标水的水质情况，采用不同的清洗药剂配方，补充分析相关项目，准确判断影响因素对指导膜运行操作十分重要。
③ 前处理的平稳运行：在系统设计和实际生产过程中，一定要充分考虑工业污水的水质特点，避免有害物质高浓度冲击膜，造成膜损伤。确保前处理运行平稳，提高耐冲击能力，以保证MBR膜组件系统的长周期平稳运行。
